中国农业科学院上海兽医研究所的前身为中国农业科学院家畜血吸虫病研究室，成立于1964年10月。1982年2月更名为中国农科院上海家畜血吸虫病研究所。1989年7月更名为中国农科院上海家畜寄生虫病研究所。2006年3月更名为中国农业科学院上海兽医研究所，加挂中国动物卫生与流行病学中心上海分中心牌子。

研究所现有在职职工124名，其中科研人员89名，管理人员19人，支撑和服务人员26人，研究员20名，副研究员27名，具有博士、硕士学位的占科研人员的84%。入选人事部百千万工程和神农计划2人，中华农业英才奖获得者1人，上海市十大科技精英获得者1人，全国农业科研杰出人才2人，国务院政府特贴专家3人，中国农业科学院杰出岗位人才15人（一、二、三级）,省部级中青年专家5人，上海市领军人才3人，闵行区拔尖人才和领军人才21人；现有在读博士研究生 28名，硕士研究生155名。

　　研究所从国家畜牧业发展战略的需求出发，主要开展动物传染病、动物寄生虫病和动物药物研究。现设有动物血吸虫病、寄生虫病、动物药学、猪传染病、禽传染病和兽医公共卫生等6个研究室。依托研究所建有国家家禽工程技术研究中心（上海）、国家防治动物血吸虫病专业实验室、农业部动物寄生虫学重点开放实验室和中国农业科学院兽药安全评价与兽药残留研究重点开放实验室，是中国农业科学院与上海市人民政府合作共建的上海国家动物医学研究中心的依托单位，是中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会、农业部血防专家咨询委员会的挂靠单位。1981年研究所被国务院学位委员会批准为首批硕士学位培养点，1984年被批准为博士学位培养点，1999年建立博士后流动站，为国家培养高级农业科技专业人才。2013年10月正式加入中国农业科学院科技创新工程，经过两年建设目前共设立有动物血吸虫病研究、动物原虫病研究、猪病毒性繁殖障碍综合症研究、猪呼吸道传染病研究、水禽病毒性疾病研究、兽用抗感染药物研究、畜禽细菌性传染病研究、动物流感病原生态学研究、食源性病原生物学与食品安全研究、小型动物疫病研究十个研究方向。