农业部环境保护科研监测所于1979年经国务院和农业部批准正式建立，直属农业部领导。1997年划归中国农业科学院，2002被科技部、财政部、中编办批准为非营利性科研机构。

农业部环境监测总站设在本所，是全国农业环境监测网络牵头单位和业务指导单位。

目前全所在职职工129人，其中科技人员123人，具有高级专业技术职务的人员62人，博硕生导师42人。引进海外高层次人才1人，中科院百人计划人才1人，农业部科研杰出人才2人，中国农科院“青年英才计划”引进人才2人，天津市“131”创新人才工程第1层次6人，天津市青年拔尖人才1人，天津市创新人才推进计划“青年科技优秀人才1人，“科研英才培育工程”院级入选者1人，“科研英才培育工程”所级入选者2人。研究生近100人。

研究所入选中国农业科学院科技创新工程第二批试点研究所，农田重金属污染修复创新团队、重金属生态毒理创新团队、农田有机污染生物消减创新团队、产地环境监测与预警创新团队、环境危害因子风险评估创新团队、农业环境数据挖掘与信息化创新团队、养殖业污染防治创新团队、农业生物多样性与生态农业创新团队、乡村环境建设创新团队等9个团队全部进入第二批试点。