农业农村部南京农业机械化研究所前身是1934年中央农业实验所时期成立的病虫机械实验室，1957年独立建制，是中国农业科学院九大学科群中农业工程学科群的主要依托单位之一，是农业工程科研领域国家级研究所。建所前后发明的具有世界里程碑意义的水稻插秧机、机动喷雾机代表了当时我国农业机械研制的先进水平。

经过80年的建设，研究所现占地382亩，在职职工260人，其中研究员30余人、副研究员65人。设有穗粒类收获机械、种植机械、茎秆类收获机械、生物质转化利用装备、绿色耕作与土下果实收获机械化、主要粮经作物初加工装备、植保机械、农业机械化技术系统优化与评价、主要作物智能农机装备与技术、果蔬茶类收获机械、特色农产品干制与加工装备11个科研创新团队。农业农村部现代农业装备重点实验室、农业农村部南方种子加工工程技术中心、国家植保机械质量监督检验中心、机械工业耕作机械产品质量检测中心等挂靠研究所建设。编辑出版《中国农机化学报》《农业装备与开发》《智能化农业装备学报》与《中国农机化年鉴》。

建所以来，共获得各类科研成果1300多项，各类科技奖励160多项，其中国家、部、省级奖励120多项，授权国家发明专利千余项。研究所与世界诸多国家和地区科研机构、大学有技术交往，在农业工程技术领域享有较高声誉。