1957 年 9 月，中国农业科学院原子能农业应用研究室正式成立，中国核农学创始人徐 冠仁院士担任主任；1960 年，更名为中国农业科学院原子能利用研究所；2002 年 10 月， 经科技部、财政部批复，更名为中国农业科学院农产品加工研究所。

截至2014年12月，农产品加工研究所共以第一完成单位进行科技成果鉴定/评价29项，以第一完成单位获国家技术发明奖1项，省部级奖励16项，社会奖励9项；申请国家专利295余项，授权专利103项；以加工所为第一单位在各类学术刊物上发表文章845篇，其中SCI/EI收录共计147篇；主编或参编著作70余部。“十二五”以来，研究所先后承担973计划、863计划、国家自然基金、支撑计划、公益性行业科研专项、基础性工作专项以及国际合作项目等180余项，合同经费1.8亿元，留所经费1.3亿元。